Способы пересечения квадратов в мультисудоку могут быть различными. Головоломка может содержать и другие дополнительные условия; например, диагонали обоих квадратов также должны содержать цифры от 1 до 9:
Программа умеет решать мультисудоку, в которых регионы имеют произвольную форму: